高山流水

彭友松
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教育情况:中国科学院生物物理研究所,博士
研究领域:生命科学->遗传学与生物信息学->生物信息学
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查看R源代码的六种方法

转自: http://f.dataguru.cn/thread-364443-1-1.html 方法一:直接写函数名称 , 如 lm. 缺点是 并非所有的函数都能通过此方法得到 ,因为 R 是面向对象设计的程序语言。 方法二:与方法一类似,用函数 page() ,不过,结果在另一个窗口显示。 方法三:与方法二类似,用函数 edit() 方法四:对于 ...
2017-6-18 12:03

Low bootstrap value in phylogeny

Referred from websites https://www.biostars.org/p/13535/ https://www.researchgate.net/post/Interpretation_of_low_Bootstrap_value In general, you should (1) get the protein sequences*, (1a) remove pseudogenes if you can, (2) align them (clustalX), (3) manually select conserved region(s), ...
2017-1-13 16:37

Ubuntu 中EMBOSS的安装

换了系统, 之前安装的EMBOSS没法用了,只好重新安装。过程很简单,首先从ftp://emboss.open-bio.org/pub/EMBOSS/下载EMBOSS的压缩包,然后解压和编译,如下: gunzip EMBOSS-6.6.0.tar.gz tar xvf EMBOSS-6.6.0.tar 进入解压之后的目录,编译: ./configure make sudo make install 安装完成后测试一下: ...
2017-1-3 15:14

从NCBI批量下载序列

好久没有玩过大量序列了,发现之前的脚本不管用了,所以从bing上又学习了一遍。下面是一位大神总结的几种最简单的方法。From https://edwards.sdsu.edu/research/ncbi-sequence-or-fasta-batch-download-using-entrez/ Three easy ways to download multiple sequences from NCBI There are different ways of how to d ...
2016-12-30 23:16

怎样理解具有边际效应的SNP相互作用

边际效应是指自变量的变化对于因变量的影响。比如下面这个例子。当你饿的时候,买了4个馒头,第一个馒头对你的边际效应最大,因为那时候你最饿,愿意花更多的钱买它;第二个 对你的边际效应也很大,但相对于第一个少了很多;当到第三个和第四个的时候,边际效应已经很少,甚至为0或者负值了。在SNP相互作用影响复杂疾病的 ...
2016-3-1 10:50

一个画bar图的R脚本

数据如下: label one two l2k 12 5 s1k 23 53 s2k 21 13 s3h 2 5 13 s5h 37 33 要做出下面的图: ...
2015-10-20 17:03
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